Les inventaires peuvent être réalisés par de nombreuses structures et à différentes échelles géographiques (communale, intercommunale, bassin versant...). Plus les opérations sont nombreuses et efficaces, plus on améliore la connaissance...
Consciente des enjeux liés aux milieux humides et souhaitant agir en leur faveur, la Fédération Départementale des Chasseurs du Jura a mené pendant 3 ans (2006-2009) un inventaire des zones humides de moins de 1 hectare à l'échelle du département jurassien, grâce au soutien financier de l'Agence de l'Eau Rhône Méditerranée Corse, du Conseil Général du Jura et de la Direction Départementale des Territoires du Jura.
Les milieux humides d'une superficie de moins d'un hectare, pris individuellement, sont souvent considérés comme des milieux de peu d'intérêt. Pourtant, un ensemble de milieux humides sur un même bassin versant peut fournir autant de services à la société qu'une zone humide notoire. Il est donc important de recenser tout type de milieu humide, quelle que soit sa superficie.
Cet inventaire dépasse le cadre d'une simple délimitation de contours de milieux humides puisque ces milieux sont également caractérisés afin d'évaluer leurs enjeux et les risques les touchant, mais aussi hiérarchisés selon les priorités d'action à mener pour leur préservation.
Même s'il s'intéresse prioritairement aux petites zones humides de moins d'un hectare, cet inventaire a permis de compléter les données existantes en recensant de nouvelles zones humides de plus grande superficie, de nouvelles mares, etc...
Depuis cette vaste campagne, la Fédération Départementale des Chasseurs du Jura a créé le Comité Départementale en faveur des Zones Humides qui continue d’actualiser les données de l’inventaire. De nouvelles zones sont prospectées et les données vieillissantes et/ou partielles des milieux déjà identifiés sont mises à jour avec de nouveaux relevés.
Cette mise à jour est réalisée en fonction des demandes et des besoins des structures partenaires, notamment les acteurs GEMAPIENS, dans le cadre de projets qu'elles peuvent mener.
Sur la période 2021-2022 l’inventaire des milieux humides s’est principalement poursuivi sur les territoires de la Communauté de Communes Bresse Haute Seille et dans la vallée du Doubs entre Fraisans et Orchamps dans le cadre de l'Etude de Bon Fonctionnement du Doubs. Plus de 836 hectares ont été prospectés, 45 relevés de la végétation et 82 sondages pédologiques ont été réalisés. Tout comme le reste des données issues de l’inventaire, il est possible de visualiser les résultats sur la plateforme Sigogne.
En 2023, le CDZH a accompagné le SR3A dans son recensement des milieux humides du bassin versant du Suran (secteur jurassien) dans le cadre du Plan de Gestion Stratégique des Zones Humides du bassin du Suran.